Kontrgerillanın tarihi siyasi suikastların da tarihidir.
12 Eylül darbesinden önce aralarında kontrgerillayı soruşturan savcı Doğan Öz ve DİSK Başkanı Kemal Türkler'in de bulunduğu toplumca tanınmış 9 isim kontrgerilla tarafından gerçekleştirilen suikastlar sonucu yaşamını yitirdi.
1988 yılında partisinin kongresinde kürsüye çıkan Başbakan Turgut Özal bir ülkücü olan Kartal Demirağ tarafından öldürülmek istendi. 70'ler boyunca dönemin popüler sol ismi Bülent Ecevit birden fazla kez öldürülmek istenmişti.
İkinci büyük suikast dalgası 1990'da geldi. Muammer Aksoy, Çetin Emeç, Turan Dursun, Bahriye Üçok gibi akademisyen ve gazeteciler öldürülürken adres olarak İslamcı terörizm gösterildi. Oysa Üçok'a bu saldırı TSK tarafından önceden bildirilmiş, bomba karşısında ne yapacağı bile anlatılmıştı.
Sivas ve Başbağlar katliamlarının gerçekleştiği yıl olan 1993'te ise tanınmış gazeteci Uğur Mumcu evinin önünde bir bombalı saldırı sonucu öldü. Cenazesinde yüz binlerce insan devleti ve kontrgerillayı sorumlu tutarken açılan soruşturma ile yine "dinci terörizm" hedef gösterilse de bir kontrgerilla üyesi olan Semih Tufan Günaltay ve adamlarının bu suikasti gerçekleştirdiği anlaşıldı. Ancak Mumcu soruşturması gibi diğer suikastlerin arkasındaki güçler bir türlü aydınlatılamadı.
Aynı yıl iki önemli asker, Eşref Bitlis ve Bahtiyar Aydın kuşkulu şekilde yaşamını yitirdi.
1999'da Cumhuriyet Gazetesi yazarı Ahmet Taner Kışlalı, 2001'de Diyarbakır Emniyet Müdürü Gaffar Okan, 2002'de özel harpçilerle bağlantılı akademisyen Necip Hablemitoğlu öldürüldü. 2006'da Ergenekon üyesi Aslan Alpaslan'ın Danıştay binasında gerçekleştirdiği saldırıda yargıç Mustafa Yücel Özbilgin yaşamını yitirdi.
Son önemli suikastin kurbanı ise Ermeni gazeteci Hrant Dink oldu. Kontrgerillanın tetikçileri tarafından gazetesi AGOS'un önünde arkadan üç kurşunla vurulan Dink, Veli Küçük ve arkadaşları tarafından doğrudan hedef gösterilmişti. Ancak öldür emrini verenler hiç de beklemedikleri bir sonuçla karşılaştı. Hrant'ın cenazesinin ardından 200 binden fazla insan "Hepimiz Ermeniyiz" sloganıyla yürüdü.
Başbakan Tayyip Erdoğan'a yönelik 7 suikast girişimin engellendiği açıklanırken suikastçilerin listesindeki son hedef Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç oldu.
Saydıklarımız dışında da bir çok suikast gerçekleşti, hiçbiri aydınlatılamadı...